Eesti Kirjanikkude Liit kui kirjanike ja kriitikute kutseühing asutati 8. oktoobril 1922 Tallinna Raekojas. Liikmeid oli tollal 33 ja see arv kasvas aastaks 1940 kahekümne inimese võrra. Eesti Vabariigi esimesel iseseisvusajal jõudsid loomingulise liidu esimehena töötada Friedebert Tuglas, Eduard Hubel (Mait Metsanurk), Karl Ast (Rumor), Henrik Visnapuu ja August Jakobson.

Pärast Eesti inkorporeerimist Nõukogude Liidu koosseisu alustas 1940. aasta oktoobris tööd Eesti Nõukogude Kirjanike Liidu organiseerimistoimkond (esimees August Jakobson). 8. ja 9. oktoobril 1943 Moskvas toimunud asutav konverents valis uuele liidule juhatuse, presiidiumi ja esimehe. Moskvas loodud eesti kirjanike ühendus kandis kuni 1958. aastani nime Eesti Nõukogude Kirjanike Liit, hiljem Eesti NSV Kirjanike Liit. Seda juhtisid esimehena Johannes Vares-Barbarus, August Jakobson, Johannes Semper, Juhan Smuul, Paul Kuusberg ja Vladimir Beekman. 

Saksa okupatsiooni ajal  Eestis 1941-1944 korraldas esialgu liidu tööd kolmeliikmeline juhatus (esimees Albert Kivikas), kuni 1943. aasta suvel võidi koos teiste poliitiliste ühingute ja liitudega uuesti tegevust alustada. 12. detsembril 1943 Tartus toimunud peakoosolekul valiti Eesti Kirjanikkude Liidu esimeheks Gustav Suits.

1944. aasta sõjasügisel Läände emigreerunud eesti kirjanikud organiseerusid ja koondusid sedavõrd kiiresti, et juba 1945. aasta detsembris sündis Stockholmis Välismaine Eesti Kirjanike Liit. Liidu esimehena toimis kuni 1982. aastani August Mälk, pärat teda on sellel kohal olnud Kalju Lepik ja Enn Nõu. 

Kodu- ja välismaiste eesti kirjanike organisatsioonide ametlik lävimine oli ideoloogilistel põhjustel takistatud kuni aastani 1989, mil maikuus istuti Helsingis ühise laua taha. Kohtumine oli küll mitteametlik, kuid sisult tipptasemel ja läks igati korda. Ausam ja võimekam osa kirjanikkonnast oli nii siin- kui ka sealpool Läänemerd suutnud läbi kõigi poliitiliste ja olmeraskuste hoida oma väikese rahva vabadusiha ja kaitsta kultuuri. 

Kodumaa pinnal tegutsev kirjanike kutseühing nimetas end 1991. aastal taas Eesti Kirjanike Liiduks. Aastast 1995 kuni 2004 oli  tema esimeheks Mati Sirkel. 2000. aasta oktoobris saatis end laiali Välismaine Eesti Kirjanike Liit, kelle senised liikmed võeti in corpore vastu Eesti Kirjanike Liitu kodumaal. Lisaks EKL Tartu osakonnale (esimees kuni 2005 Janika Kronberg, aastast 2005 Berk Vaher) tekkis juurde EKL Stockholmi osakond, mida juhib Karin Saarsen-Karlstedt. Hetkel kuulub Eesti Kirjanike Liidu liikmeskonda 302 liiget nii kodu- kui ka välismaal - kirjanikud, ilukirjanduse tõlkijad, kirjanduskriitikud ja -teadlased. Aastast 1992 on EKL Euroopa Kirjanike Kongressi liige. 2004-2007 oli EKL esimees Jan Kaus, 2007. aastal valiti EKL esimeheks Karl Martin Sinijärv.